Em um ambiente tão complexo quanto o solo, onde fatores químicos e físicos interagem continuamente, influenciando as condições de umidade, temperatura, reação do solo, aeração, podemos perceber que a comunidade bacteriana presente é regida fortemente por estes, afetando sobremaneira a composição microbiana tanto qualitativa quanto quantitativamente.

A água por ser o maior componente protoplasmático de um organismo vivo, deve estar presente em quantidades adequadas para o desenvolvimento. Para as bactérias aeróbicas, a umidade ideal encontra-se na faixa de 50-70%. Em solos hidromórficos, ou seja, que são submetidos a condições de encharcamento temporário ou permanente, ocorrem modificações químicas e físicas que atuam no equilíbrio microbiológico.

A temperatura do solo depende de fatores como cobertura vegetal, tipo de solo, umidade, etc. que determinam as atividades bioquímicas e as taxas de crescimento dos microrganismos.

O pH tem influência direta no crescimento dos microrganismos pela elevada concentração de íons H⁺ ou OH^–, e influência indireta na disponibilidade de nutrientes e na penetração, no interior das células microbianas, de compostos tóxicos do meio.