São constituídos de células eucarióticas. Podem ser unicelulares ou pluricelulares.

Os fungos possuem formações denominadas hifas, que são filamentos tubulares ramificados com cerca de 3-10 µm de diâmetro, que possuem parede celular rígida, constituída principalmente de quitina, podendo apresentar celulose em sua constituição. O conjunto de hifas ramificadas formam o micélio.

Os fungos, em sua grande maioria, produzem esporos, tanto de forma assexual, como de forma sexual.

São encontrados no solo com comunidades variando de 10⁴-10⁶ organismos/grama de solo. Predominantes em solo ácidos, onde sofrem menor competição, pois as bactérias e actinomicetos são favorecidos por valores de pH na região alcalina e neutra. Os fungos podem ser encontrados em solos com pH de 3,0 a 9,0, o valor ótimo é variável com a espécie.

A umidade do solo ideal para o desenvolvimento desses organismos está entre 60-70% da capacidade de retenção de um solo.

Em geral, os fungos são aeróbicos, porém apresentam resistência a altas pressões  de CO₂. Quanto a temperatura, podem ser encontrados em uma ampla faixa, entretanto no solo predominam espécies mesófilas.