A Biomassa Microbiana do Solo é classificada em quatro grupos: bactérias, fungos, protozoários e algas. Os vírus também são encontrados no solo, mas não são considerados biomassa por não se basearem em organização celular.

Os microrganismos também são divididos em dois grupos: procarióticos e eucarióticos. No grupo das bactérias estão incluídos as cianobactérias (algas verde-azuladas) e os actinomicetos, que são procarióticos devido a sua organização simples. Fungos, algas e protozoários apresentam uma organização celular mais complexa, e constituem os organismos eucarióticos.